马克思主义学院成立于2018年5月，前身为思想政治理论课教研部（其源于原人文社科系“两课”教研室，2008年1月，经学院党委批准独立建制），是负责全院思想政治理论课教育教学工作的业务部门。马克思主义学院现有专任教师39人，其中教授1名，副教授13名，博士7人，在读博士4人。2023年12月，成功入选全国交通职业院校示范马克思主义学院。

马克思主义学院下设习近平新时代中国特色社会主义思想概论、毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系概论、思想道德与法治和形势与政策、五史、国家安全教育等四个教研室，承担全院《习近平新时代中国特色社会主义思想概论》、《毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系概论》、《思想道德与法治》、《形势与政策》四门公共必修课程的教学任务，同时，开设《中国共产党简史》、《当代大学生国家安全教育》等线上选修课程。建有《思想道德与法治》、《毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系概论》两门校级在线开放课程。

近五年，主持各类教科研课题130余项、出版专著5部、获授权专利4项（其中发明专利1项），其中教育部人文社会科学研究项目3项（含思政专项1项）、省科技厅项目1项、省教育规划项目6项（含重点3项）、省高教教改项目2项（含重点1项）、省高校哲学社会科学研究项目29项（含重大1项、重点2项）、校级青年创新科研团队1个等。

主持教育部高校思政课教师研究专项“《毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系概论》与高中思政课、历史课教学衔接研究”、省“十四五”规划重点课题“大学《毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系概论》与高中《中国特色社会主义》课程教学衔接研究”、“大中小学思政课一体化视域下国际学校思政课程体系建构与教学模式研究”，省高校教改重点项目“以社会主义核心价值观统领高职思想政治理论课教学改革与实践”，以及教育厅高校哲学社会科学项目“江苏省中高职思政课一体化建设研究”（重大）等聚焦于新时代思政课建设的大中小思政课一体化教学探索与实践。

教科研成果获奖23项，其中南京市哲社科学优秀成果二等奖2项、南京市社科决策咨询优秀成果二等奖1项、省社科应用精品研究优秀成果二等奖1项等；纵横向课题到账经费近百万元，产生了较好的经济效益和社会效益。马院荣获全省教科研先进集体、1名教师荣获全省教科研先进个人、1名教师荣获省科技副总。